Việc giải thể Phương diện quân Volkhov được cho là ý kiến đột xuất của cá nhân Stalin, với lý do thuận tiện trong việc chỉ đạo trên một mặt trận duy nhất. Nhiều tướng lĩnh nhận thấy đây là một ý định sai lầm nhưng không ai dám phản đối.[9]

Thực tế cho thấy quyết định này càng làm khó khăn thêm trong việc chủ động tác chiến. Bộ chỉ huy của Phương diện quân Leningrad phải chỉ huy cùng lúc trên 2 mặt chiến trường. Đặc biệt ở hướng Volkhov, tình hình bi đát của Tập đoàn quân xung kích 2, khi đó do tướng A.A. Vlasov chỉ huy, đang bị quân D(ức vây chặt và có nguy cơ bị tiêu diệt hoàn toàn. Để thoát khỏi tình hình này, ngày 11 tháng 5 năm 1942, tướng Khozin đã gửi một báo cáo cho Tổng tư lệnh tối cao Stalin, trong đó đề xuất một phương án mạo hiểm nhằm hướng Stalin cho phép ngừng tấn công, đồng thời rút Tập đoàn quân xung kích 2 ra khỏi vòng vây. Theo đó, Tập đoàn quân xung kích 2 sẽ rút về hướng mỏm lồi Lyuban nhưng không rút hoàn toàn khỏi đó, đồng thời các đơn vị khác sẽ thực hiện các cuộc tấn công củng cố và mở rộng bàn đạp, chuẩn bị cho các hoạt động tiếp theo để phá vỡ vòng phong tỏa Leningrad trên một mặt trận khác. Tuy nhiên, Stavka đã đưa ra một quyết định cực đoan hơn và vào ngày 12 tháng 5, tướng Khozin đã nhận được lệnh miệng chuẩn bị rút toàn bộ Tập đoàn quân xung kích 2 khỏi mỏm lồi Lyuban. Cùng ngày, tướng Khozin, trên cương vị Tư lệnh phương diện quân Leningrad, đã ra lệnh sơ bộ rút Tập đoàn quân xung kích 2 ra khỏi vòng vây.[10] Ngày 14 tháng 5 năm 1942, Stavka ra chỉ thị số 170379, xác nhận quyết định sơ tán hoàn toàn Tập đoàn quân xung kích 2 khỏi mỏm lồi và chỉ giữ lại đầu cầu trên sông Volkhov.[11] Lệnh rút cuối cùng cũng được đưa ra, nhưng đã quá trễ. Với lực lượng đã quá suy yếu, cộng với công tác tổ chức rút quân kém, trừ một số ít đơn vị thoát vây được, hầu hết lực lượng của Tập đoàn quân xung kích 2 vẫn bị vây chặt. Với thất bại trong việc rút Tập đoàn quân xung kích 2 ra khỏi vòng vây, ngày 8 tháng 6 năm 1942, tướng Khozin bị cách chức với lý do "Vì đã không tuân theo lệnh của Stavka về việc rút quân kịp thời và nhanh chóng Tập đoàn quân xung kích 2, vì các phương pháp chỉ huy và kiểm soát, tách khỏi quân đội, do đó kẻ thù đã cắt đứt liên lạc của Tập đoàn quân xung kích 2 và sau đó bị đặt vào tình huống cực kỳ khó khăn."[12]

Cũng trong ngày 8 tháng 6 năm 1942, Phương diện quân Volkhov được tái lập.[13] Stalin ngay lập tức đã ra lệnh cho Tư lệnh phương diện quân, tướng Meretskov và quyền Tổng tham mưu trưởng A.M. Vasilyevsky phải thực hiện việc rút Tập đoàn quân xung kích 2 ra khỏi vòng vây, ngay cả khi không mang theo được vũ khí và thiết bị hạng nặng.[14] Tuy nhiên, kế hoạch hoàn toàn thất bại, Tập đoàn quân xung kích 2 gần như bị tiêu diệt hoàn toàn, Tư lệnh tập đoàn quân, tướng Vlasov bị quân Đức bắt làm tù binh vào ngày 6 tháng 7 năm 1942.[15]

Trong những tháng cuối của năm 1942, đối tượng tác chiến chính của Phương diện quân Volkhov là Tập đoàn quân 11 của Đức, đến thay chân cho Tập đoàn quân 18 vốn đã bị thiệt hại nặng. Đầu năm 1943, phương diện quân tham gia chiến dịch Tia Lửa (Операция Искра) nhằm phá vỡ vòng vây của phát xít Đức và thiết lập một "hành lang" tiếp vận bằng đường bộ cho thành phố Leningrad[16] tại khu vực được gọi là "cổ chai" Shlisselburg nằm ở bờ Tây Nam hồ Ladoga. Lực lượng chủ lực của phương diện quân tham gia chiến dịch chính là Tập đoàn quân xung kích số 2 được tổ chức lại. Lần này, Hồng quân Liên Xô đã thành công và vòng vây đối với Leningrad bị phá vỡ. Một hành lang đường bộ bên bờ Tây của hồ Ladoga với chiều rộng chừng 8 kilômét (5,0 mi)-10 kilômét (6,2 mi) đã được nối liền từ Leningrad ra bên ngoài, tăng cườn năng lực tiếp vận, giúp thành phố phòng thủ hiệu quả trước quân Đức cho đến đầu năm 1944.

Ngày 14 tháng 1 năm 1944, chiến dịch Leningrad-Novgorod mở màn. Phương diện quân Volkhov đảm trách nhiệm vụ tấn công trên hướng Novogord-Luga. Đến ngày 12 tháng 2, các tập đoàn quân 67 (Phương diện quân Leningrad) và 59 (Phương diện quân Volkhov) đã giải phóng Luga. Sau khi nhiệm vụ Luga hoàn thành, ngày 13 tháng 2 năm 1944, Đại bản doanh ra Chỉ thị số 220023 giải tán Phương diện quân Volkhov. Các tập đoàn quân số 54, 59 và 8 được chuyển giao cho Phương diện quân Leningrad. Tập đoàn quân xung kích số 1 được trả về cho Phương diện quân Pribaltic 2. Bộ chỉ huy Phương diện quân được chuyển về lực lượng dự bị của Đại bản doanh.[17]